La chapelle est un édifice du XVIe siècle, siècle de création d’un hameau habité par quelques familles (selon les directives du Seigneur d’Ollioule) et dénommé « Sanct Nazari ». C'est vers le milieu de ce même siècle que le port fut construit pour offrir un débouché au commerce ollioulais ; il fut creusé pour permettre le mouillage des navires. Et ce n'est qu'en 1688, au terme de longues procédures, que Saint-Nazaire obtint de Louis XIV sa séparation d'avec Ollioules.
Le nom de Sanct Nazari évoluera pour devenir Sant Nazari, puis Sant Nari pour finir par Sanàri en provençal. Le nom français Sanary sera approuvé en 1890 et la commune adoptera officiellement le toponyme de Sanary-sur-Mer en 1923.

Bien que de dimensions modestes, la chapelle est un édifice majeur dans la vie spirituelle des sanaryens. Située au cœur de la ville historique, son accès est facile et permet aux fidèles d’y venir souvent et quand ils le souhaitent. De ce fait, elle est largement ouverte au public.

Les travaux réalisés à l'intérieur ont permis de renforcer la relation intime qui s'est créée entre la chapelle et les fidèles avec notamment un travail sur la lumière filtrée par des vitraux créés pour la chapelle. Les façades et le clocher ont été restaurés en restituant les dispositions d'origine.​